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科學家恢復生命之樹，或者發(fā)現(xiàn)不同物種的祖先和后裔就是通過這種相似性來復原的。這種相似性有時候來自身體表面，比如說骨骼、肌肉；有時候來自微觀看不見的東西，比如說DNA。正是基于各種各樣的存在于恐龍和鳥類之間的相似性，科學家現(xiàn)在相信恐龍變成了鳥類。

其中有一個學者貢獻非常非常大，他是來自耶魯大學的John Harold Ostrom教授。他的很重要的工作就是研究恐爪龍，然后把它和始祖鳥——剛才講到的最早的鳥類進行對比。他發(fā)現(xiàn)這兩種動物的手幾乎是一模一樣的，這些發(fā)現(xiàn)讓他相信恐龍變成了鳥類。

不過，這一假說還存在一系列問題需要解決，比如同源問題。

不同種類的生物常常共享相似結構，但這些相似結構的來源不同：一些相似性源自共同祖先，這叫作同源，比如人的胳膊、馬的前腿以及鴿子的翅膀，雖然看似形態(tài)各異，但基本結構是一樣的，從來源上看，都源自泥盆紀時期一種肉鰭魚類的粗壯胸鰭。

另外一些相似結構產(chǎn)生的原因，是它們有相似的功能，我們稱之為趨同演化。就像鯊魚、魚龍和海豚都有鰭，表面看起來很相似，但它們的基本結構不同，來自不同的祖先，它們之所以相似，是都需要執(zhí)行游泳的功能。

反對恐龍起源假說的學者認為，鳥類和恐龍之間的相似性，包括剛才講的手部的相似性，不是源自同一祖先，而是來自于趨同演化。

是不是這樣呢？我們首先來看看剛才講到的手部的相似性，到底是趨同演化產(chǎn)生的，還是同源的。

這是一個美麗的鳥的翅膀，鳥的翅膀下面是一些奇形怪狀的骨頭，這些骨頭實際上代表鳥的手。如果你想看它到底長什么樣，可以去吃一個雞翅，把肉啃干凈以后，會發(fā)現(xiàn)長的這樣形狀的一個鳥的手。當然你吃的時候要小心一點，很可能會破壞科學的信息。

這個鳥有高度變形的3個手指。我們自己的手有5個手指，手指數(shù)目顯然不同于鳥類。實際上5個手指代表一種原始狀態(tài)，從這個角度上說，我們人類是原始的。

在生命演化過程中，手指和腳趾的數(shù)目在許多四足動物當中都發(fā)生了變化，有的從5個手指和腳趾變?yōu)?個手指和腳趾，有的變?yōu)?個，有的甚至只剩下一個功能性的手指和腳趾，比如我們熟悉的馬。

這些動物退化了哪些手指或者腳趾，剩下了哪些手指或者腳趾，這個看似無聊的問題卻是許多科學家關注的。因為這些問題會幫助我們理解生命演化，甚至有時候還會超出對生命演化的理解。

如果我們進行對應的話，有一個問題可以問，鳥類的這三個手指相當于我們人的哪三個手指？

如果你問一個研究化石的古生物學家，他會告訴你，你看原始的恐龍，它有五個手指，也像我們人一樣。但是在恐龍演化的過程當中，外側的兩個手指，也就是小拇指和無名指就會退化掉，所以有些恐龍變成三個手指。

三個手指的恐龍最后變成了有三個手指的鳥類，就是我們今天熟悉的鳥類。這樣簡單的邏輯推論，你問一個小學生他都會舉手回答你，鳥類現(xiàn)在剩下的三個手指相當于我們內側的三個手指頭，也就是一二三指，因為它退化了兩個外側的手指頭。

科學研究是這么簡單的嗎？顯然不是的，如果這么簡單，我想每個人都愿意去做這個事情。

有些科學家從不同的渠道進行了研究。研究現(xiàn)代生物的科學家，比如說研究胚胎發(fā)育的，他們在觀察鳥類胚胎發(fā)育的過程當中得到了不同的答案。

如果觀察一個蛋的孵化過程，會發(fā)現(xiàn)鳥在孵化的過程當中，最早也像我們人一樣有五個手指。但是不知道什么原因，大拇指和小拇指突然罷工了，不愿意再生長了，所以最后成年鳥長出來的三個手指頭是中間的這三個手指。

或者換句話說，鳥類現(xiàn)在的手指不是剛才我講的像恐龍化石的一二三，而是二三四，是中間的這三個手指頭。這樣的數(shù)據(jù)就產(chǎn)生一個明顯的矛盾，化石的數(shù)據(jù)和胚胎發(fā)育的數(shù)據(jù)打架了。