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隨后，清政府抽調(diào)所能調(diào)動的陸軍軍醫(yī)學堂、北洋醫(yī)學堂和協(xié)和醫(yī)學院的醫(yī)護人員以及直隸、山東等地方的一些醫(yī)生，陸續(xù)前往東北。朝廷在全國征集醫(yī)生和看護前往東北。令人欣慰的是，面對如此惡疾，報名支援東北的中外醫(yī)生和醫(yī)學院的學生十分踴躍。

在伍連德等專家的建議下，清政府及各地方當局對疫情采取了科學而有效的防疫措施。清政府下令各處嚴防。為了能控制住局面，官府先從長春調(diào)來1160名步兵對疫區(qū)內(nèi)進行交通管制。政府規(guī)定，傅家甸疫區(qū)內(nèi)居民出行必須在左臂佩戴證章，根據(jù)各區(qū)不同證章分為白、紅、黃、藍四種。佩戴證章者可以在本區(qū)內(nèi)行動，但要前往別區(qū)，則必須申請?zhí)貏e批準證。就連區(qū)內(nèi)的軍人們也必須嚴格遵循這一規(guī)章，不許隨便走動。

同時，授權伍連德全權接手哈爾濱防疫局。防疫局下設檢疫所、隔離所、診病院、庇寒所、防疫執(zhí)行處、消毒所等部門。其中，檢疫所專事檢查進入防疫區(qū)者是否染疫；庇寒所為無家可歸者提供食宿；消毒所各區(qū)設立一個，為參與防疫工作的醫(yī)生、巡警和夫役提供沐浴消毒服務。按照收治病人的病情，診病院分為疫癥院、輕病院、疑似病院和防疫施醫(yī)處幾種。各病院中均設有醫(yī)官、庶務、司藥生、看護、巡長等職務。既為不同病情的病人提供了治療，又避免他們之間的交叉感染。

防疫區(qū)的防疫措施為整個東北作了一個表率。隨后，哈爾濱俄人居住區(qū)、奉天、長春、黑龍江全省紛紛仿照傅家甸防疫區(qū)的模式建立起防疫體系。

在12月26日夜，在哈爾濱傅家甸一名出嫁到當?shù)氐娜占蜅Ｅ习逡蚋腥臼笠叨┩觥?2月27日早間，接到地方衙署通知后的伍連德與助手林家瑞立即趕往事發(fā)地，并于貧民區(qū)中一棟昏暗的小樓內(nèi)開始了緊張的剖檢取樣工作。    

他首先用注射器從死者的右心房處抽取了足夠的血液樣本，并放置于試管中進行細菌培植，同時用顯微鏡進行涂片觀察；接下來又切開肺臟與脾臟表面，用白金接種環(huán)提取了臟器中的物質(zhì)以為培養(yǎng)與觀察，并將感染的肺、脾、肝各取出一定大小的組織塊放進盛有福爾馬林液體的容器內(nèi)。

待各項剖檢取樣結束后，伍連德將臟器歸復原位與縫合好表皮，為之穿戴整齊并裝殮于事先準備好的棺材中以備安葬。由于尸檢是在外界不為所知的情況下進行的，所以其迅速且成功地完成了第一例尸檢，這樣一來，他們?yōu)榉乐螙|北鼠疫獲取到了重要的病體樣本。

得到樣本后，伍連德在臨時辟建的實驗室內(nèi)關了四天，就提取的血液樣本與臟器切片進行了細致的觀察與分析。在高倍顯微鏡下，敷有呂氏染色劑的血液、心、肺、肝、脾的切片樣本中均呈現(xiàn)成群的鼠疫桿菌，且為特有的兩頭著色的卵圓形狀；而試管里的細菌經(jīng)過培養(yǎng)后，也得出了是鼠疫桿菌的結果。

為了進一步論證，伍連德又將這些培養(yǎng)物放在室溫下三天，并發(fā)現(xiàn)了狀如針頭的半透明菌落。他挑取其中一個菌落進行涂片觀察，鼠疫桿菌的特征再度顯現(xiàn)；而從心、脾、血液中提取的培養(yǎng)物則未受其他雜菌污染且十分純凈，但肺片培養(yǎng)物顯示輕度污染。

根據(jù)上述情況，伍連德提出了“肺鼠疫”的病理學說。隨后他將有關情況奏報清廷，并邀請濱江廳分防同知章紹洙等當?shù)毓賳T來實驗室看查分析結果，以引起他們對于疫情防控的特別重視。

后排為赴天津抗鼠疫的協(xié)和醫(yī)院學生

在伍連德抵達哈爾濱的七天時間里，他與助手林家瑞同當?shù)氐囊︶t(yī)師、孫醫(yī)師走訪了傅家甸一帶，并和俄國醫(yī)師哈夫金診察了中東鐵路醫(yī)院所收治的病患。中國地方當局對于疫情防控的松散麻痹與俄國醫(yī)師未采取防護就直接面對病患的做法，給他留下極為深刻的印象。

面對這樣的現(xiàn)狀，伍連德向清廷發(fā)出了一份電函，詳細闡明了建立相關防疫組織與采取相應措施的重要性，并提出了九點建議：

（一）傅家甸流行的肺鼠疫已為臨床與細菌學檢驗所證實；

（二）病疫通過人類間的接觸而不斷傳播，重點應集中在流動人口與當?shù)鼐用竦谋O(jiān)控；

（三）進入西伯利亞的邊境重鎮(zhèn)滿洲里與哈爾濱之間的鐵路線應實行嚴格管制，并促請俄國在中方實行有關舉措時協(xié)同合作；

（四）開放的陸路與冰凍期的河流亦是疫情傳播的通道，因此須派人加強在沿途的巡檢；

（五）傅家甸當?shù)貞峁└嗟姆可嵋员僭O急性病患醫(yī)院，建立隔離場所并收容與病患接觸過的人員，同時鼓勵地方警務人員充分地合作；

（六）為應對防疫人員需求增加的情況，從南方招募更多的醫(yī)師和助理；

（七）敦促當?shù)毓賳T提供足夠的經(jīng)費以為防控之需；

（八）京奉鐵路沿線（此時部分路段已通車）的衛(wèi)生狀況應需密切注意，出現(xiàn)鼠疫病例應采取嚴格防治措施，建立專門的醫(yī)院與隔離場所；

（九）尋求與日本南滿鐵路當局進行合作?！?

伍連德的九點建議成為了開展防疫工作的重要指針，而清政府也責成傅家甸當?shù)毓賳T逐步落實了有關場所的辟建工作，并通過與日俄兩國的交涉取得了必要的支持與合作，為最終撲滅疫情創(chuàng)造了稍顯有利的外部環(huán)境。

1911年1月13日，清政府又下令在山海關一帶設卡嚴防，將陸路南下的旅客留住5日，以防鼠疫蔓延。1月14日，停售京奉火車二三等車票，南滿鐵路停駛。1月15日陸軍部派軍隊駐扎山海關，阻止入關客貨。1月16日在山海關溝幫子查有病人就地截留。1月21日下令“將京津火車一律停止，免致蔓延”。至此，關內(nèi)外的鐵路交通完全斷絕。

在實行隔離的同時，許多地方開展了獎勵捕鼠的活動。凡捕一鼠持之警局，給銅圓兩枚，死鼠給銅圓一枚。

參與防疫工作的俄國醫(yī)生

公共衛(wèi)生也第一次引起了各級政府的重視。吉林省“各關檢疫分所于城甕內(nèi)設機器藥水，見人消毒”。在鐵嶺，政府向當?shù)孛癖姲l(fā)送10000多只“呼吸囊”，  “勒令人民盡帶呼吸囊”，  “由巡警隨時稽查，如有不遵守者，即以違警論罪”；屠宰行業(yè)每日必須消毒一次，內(nèi)臟必須當場清洗干凈，裝在專用的板箱內(nèi)，不準暴露在外，工作人員必須穿白色服裝。